隐藏道具的获取是游戏进程中的重要环节，这些道具往往分布在特定场景或需要特殊条件触发。玩家需使用探测器（如宝可梦图鉴的隐藏道具探测功能）或通过特定操作（如冲浪、碎岩等技能）才能发现它们。部分隐藏道具位于草丛、洞穴或建筑角落，例如常磐森林的树果、月见山的进化石等，需仔细探索每个区域的边缘和死角。
游戏中的隐藏道具不仅包括常规的恢复类物品，还有一些关键剧情道具和稀有装备。例如在彩虹市游戏厅的火箭队秘密基地内，通过调查特定海报可触发隐藏通道，获取电梯钥匙等重要物品。紫苑镇的宝可梦塔顶层隐藏着观测镜，这是推进剧情的必需品。这类道具通常与主线或支线任务紧密相关，遗漏可能导致流程受阻。
部分隐藏道具的获取需要结合环境互动与技能配合。例如六之岛的遗迹山谷中，需通过冲浪到达特定区域才能找到龙之鳞片；而华蓝洞窟的超梦捕获点附近藏有提升能力的属性增强剂。这类道具往往位于水域、瀑布后方或需要推石解谜的区域，建议玩家在获得全部秘传技后系统性回溯探索。
隐藏道具的分布具有明显的区域特征。城市类场景如枯叶市的港口区域，可通过调查集装箱获得对战道具；野外区域如灯火山的温泉附近则藏着经验增强类物品。特别需部分道具如化石（菊石兽/化石盔）具有唯一性选择，获取后无法通过常规手段再次取得，需提前规划用途。
最后二周目新增岛屿区域隐藏着更高价值的道具。五之岛的仓库内存放火箭队遗留的进化石，七之岛遗迹则能获取古代宝可梦的专属物品。这些区域的隐藏道具往往需要完成特定剧情（如击败火箭队或破解密码门）才会显现，建议在通关后携带具备闪光、怪力等技能的宝可梦进行地毯式搜索。
