要成功通关水舰队基地，首先需要完成火岩队基地的剧情并前往凯那市触发关键剧情。在凯那市码头会目睹水舰队偷走潜水艇的剧情，这是进入水舰队基地的前置条件。之后返回水静市，使用冲浪术从最右侧海边进入水域，往北方向游动会发现一个洞穴入口，这里就是水舰队基地的所在地。进入基地后需要一路击败水舰队成员，最终会触发海皇牙的相关剧情。
进入水舰队基地后，内部结构较为复杂，需要按照特定路线前进。在漆黑的魅影版本中，基地内存在巨石阵和浓雾区域，需要通过推石和清除障碍来开辟道路。部分区域需要利用海流快速移动，但要注意某些海流会绕回入口处，需谨慎选择路径。击败两名水舰队高级成员后，会进入盖欧卡所沉睡区域，水舰队首领水梧桐会出现并触发战斗。
与水梧桐的战斗是通关的关键环节，他的阵容包括乐天河童等水系精灵，建议提前准备克制水系的草系或电系精灵。战斗胜利后，水梧桐会尝试使用红色宝珠控制盖欧卡，但剧情会继续推进。需基地内部隐藏着一颗大师球，探索时不要遗漏这一重要道具。
完成水舰队基地剧情后，主线任务会进入下一阶段，玩家可以继续探索神兽领域的其他内容。整个过程中需注意精灵等级的提升和道具的合理使用，确保队伍具备应对高强度战斗的能力。水舰队基地的攻略核心在于触发正确的剧情节点并熟悉内部路线，耐心探索即可顺利完成。
